1956年，唐山铁道学院（学校前身）筹建铁道运输系并招生；

1972年，铁道运输系随学校内迁峨眉，学校更名为西南交通大学；

1984年，获批运输管理工程硕士学位授予权；

1985年，交通工程本科专业招生；

1985年，铁道运输系更名为运输工程系；

1986年，获批运输管理工程博士学位授予权；

1987年，运输管理工程学科获批原铁道部重点学科；

1988年，运输工程系随学校迁往成都（九里校区）；

1998年，成立交通运输学院；

2001年，物流管理本科专业招生；

2002年，安全工程本科专业由经济管理学院调整至交运学院恢复招生；

2003年，物流工程本科专业招生；

2003年，获批自设交通工程、物流工程、交通运输安全工程和系统工程4个博士学位点；

2006年，成立物流学院；

2009年，获批建设交通运输国家级实验教学示范中心；

2010年，交通运输学院和物流学院整合组建交通运输与物流学院；

2012年，获批建设综合交通运输智能化国家地方联合工程实验室；

2013年，获批交通运输国家级虚拟仿真实验教学中心；

2017年，交通运输与物流学院整体搬迁至成都（犀浦校区）；

2017年，获批建设综合交通大数据应用技术国家工程实验室；

2019年，交通运输、交通工程、物流工程获批国家级一流本科专业建设点；

2020年，物流管理获批国家级一流本科专业建设点；

2020年，经国家铁路局首批授牌成立运营安全保障铁路行业工程研究中心；

2021年，安全工程获批国家级一流本科专业建设点；

2025年，获批自设低空技术与工程博士学位点。